No właśnie powiadomienia mailowe o których piszesz często wpadają do spamu gdy wysyła się je z serwerów, na których znajduje się sklep. U nas tak właśnie było. Na początku wszystko było ok, ale później przy większej ilości zamówień zrobił się problem. Testowaliśmy różne rozwiązania. Koniec końców zdecydowaliśmy się na zewnętrznego dostawcy maili transakcyjnych. W Polsce dobrą dostarczalnością może pochwalić się Freshmail: https://freshmail.pl/integracje-serwer-smtp-wordpress/ . U nas się sprawdził i problem się rozwiązał. Wiadomo, że jest to dodatkowy wydatek, ale koszt jest tak niewielki, że w porównaniu do korzyści, że warto.